Действующим налоговым законодательством предусмотрена возможность применения одновременно упрощенной и патентной системы налогообложения, но одновременное применение упрощенной и общей системы налогообложения законом не предусмотрено

Налогоплательщиком не допущено предусмотренных налоговым законодательством нарушений, в связи с чем обоснованно применяется упрощенная система налогообложения и сдаются в налоговый орган соответствующие налоговые декларации.

В абз. 2 п. 4 ст. 346.13 НК РФ указано, что в случае, если налогоплательщик применяет одновременно упрощенную систему налогообложения и патентную систему налогообложения, при определении величины доходов от реализации для целей соблюдения ограничения, установленного настоящим пунктом, учитываются доходы по обоим указанным специальным налоговым режимам.

Если налогоплательщик упрощенной системы налогообложения в течение календарного года переходит на патентную систему налогообложения по отдельному виду предпринимательской деятельности, т.е. совмещает два специальных налоговых режима, то по окончании налогового периода он обязан представить налоговую декларацию по упрощенной системе налогообложения, в котором доходы определяются без учета доходов от предпринимательской деятельности, в отношении которой применяется патентная система налогообложения.

При этом, в силу пункта 2 статьи 80 НК РФ не подлежат представлению в налоговые органы налоговые декларации (расчеты) по тем налогам, по которым налогоплательщики освобождены от обязанности по их уплате в связи с применением специальных налоговых режимов, в части деятельности, осуществление которой влечет применение специальных налоговых режимов, либо имущества, используемого для осуществления такой деятельности.

В случае одновременного применения налогоплательщиком упрощенной и патентной систем налогообложения и утрате по основаниям, перечисленным в пункте 6 статьи 346.45 НК РФ права на применение патентной системы налогообложения, он обязан пересчитать и уплатить налог по упрощенной системы налогообложения в части полученного дохода от вида деятельности, по которому ему был выдан патент, с включением суммы дохода по этому виду деятельности в декларацию по УСН.

Утрата права на применение патентной системы налогообложения при изложенных обстоятельствах не влечет возникновение обязанности по представлению деклараций по НДС, в связи с чем не имеется оснований для применения пункта 3 статьи 76 НК РФ в виде приостановления операций по счетам налогоплательщика за не представление деклараций.

(Постановление Арбитражного суда Московского округа от 22.05.2015 N Ф05-5933/2015)

В силу п. 4.1 ст. 346.13 НК РФ (в редакции Федерального закона от 19.07.2009 N 204-ФЗ), если по итогам отчетного (налогового) периода доходы налогоплательщика, определяемые в соответствии со ст. 346.15 НК РФ и с пп. 1 и 3 п. 1 ст. 346.25 НК РФ, превысили 60 млн. рублей и (или) в течение отчетного (налогового) периода допущено несоответствие требованиям, установленным п. 3 и 4 ст. 346.12 НК РФ и п. 3 статьи 346.14 НК РФ, такой налогоплательщик считается утратившим право на применение упрощенной системы налогообложения с начала того квартала, в котором допущены указанное превышение и (или) несоответствие указанным требованиям. Таким образом, данная статья предусматривает исчерпывающий, не подлежащий расширительному толкованию перечень условий, при которых налогоплательщик утрачивает право на применение УСН.

При этом, согласно абз. 2 п. 4.1 ст. 346.13 НК РФ сумм налогов, подлежащих уплате при использовании иного режима налогообложения, исчисляются и уплачиваются в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации о налогах и сборах для вновь созданных организаций или вновь зарегистрированных индивидуальных предпринимателей.

Таким образом, в случае утраты налогоплательщиком права на применение УСН он исчисляет налоги по общей системе налогообложения с начала того квартала, в котором было утрачено право на применение УСН. В соответствии с п. 4 ст. 259 НК РФ налоговые декларации (налоговые расчеты) по налогу на прибыль организаций по итогам налогового периода представляются налогоплательщиками не позднее 28 марта года, следующего за истекшим налоговым периодом.

В Постановлении Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 09.03.2010 N 15574/09 суд пришел к выводу о недопустимости отказа налогоплательщику в вычетах по налогу на прибыль, если ее расходы носили реальный характер по реальным хозяйственным операциям, имеющим деловую цель и экономическую обоснованность, а налоговый орган не доказал осведомленности налогоплательщика о значимых фактах деятельности своего контрагента, имеющих значение при налогообложении.